植物病害研究室：麦类作物病害组，经济作物病害组，植物线虫组，植物病毒组。

农业昆虫研究室：棉花害虫组，玉米害虫组，迁飞害虫组，蔬菜害虫组，水稻害虫组。

分子植物病理研究室：分子互作组，分子病毒组，分子细菌组。

生物防治研究室：有益昆虫引进与利用组，虫生真菌研究组，土传病害生物防治组，害虫天敌组, 生物农药组。

农业有害生物监测预警研究室：灾害调研组，植保信息技术组，基本调查组。

微生物农药与分子设计研究室：生物技术组，药物工程组，农用抗生素组。

生物入侵研究室：入侵物种基础生物学组，入侵物种控制组。