植物病害研究室:麦类作物病害组,经济作物病害组,植物线虫组,植物病毒组。
农业昆虫研究室:棉花害虫组,玉米害虫组,迁飞害虫组,蔬菜害虫组,水稻害虫组。
分子植物病理研究室:分子互作组,分子病毒组,分子细菌组。
生物防治研究室:有益昆虫引进与利用组,虫生真菌研究组,土传病害生物防治组,害虫天敌组, 生物农药组。
农业有害生物监测预警研究室:灾害调研组,植保信息技术组,基本调查组。
微生物农药与分子设计研究室:生物技术组,药物工程组,农用抗生素组。
生物入侵研究室:入侵物种基础生物学组,入侵物种控制组。